A Simple Ransomware Vaccine
翻译 - 一个简单的勒索软件疫苗
RNA vaccines have become a key tool in moving forward through the challenges raised both in the current pandemic and in numerous other public health and medical challenges. With the rollout of vaccin...
翻译 - RNA疫苗已经成为克服当前大流行以及许多其他公共卫生和医疗挑战中提出的挑战的关键工具。随着针对COVID-19的疫苗的推出，这些合成的mRNA已成为在许多人口中广泛分布的RNA种类。尽管它们无处不在，但序列并非总是可用于此类RNA。标准方法促进了这种测序。在此说明中，我们提供了有关最初Moderna（https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32756549/）和Pfizer / BioNTech（https：//pubmed.ncbi.nlm）的RNA成分的实验序列信息。 nih.gov/33301246/）COVID-19疫苗，允许前者正常工作并确认先前报道的后者RNA序列信息。共享广泛使用的治疗药物的序列信息的好处是，允许任何研究人员或临床医生使用测序方法快速将此类序列鉴定为治疗药物衍生的序列，而不是宿主或传染源。对于这项工作，从小剂量疫苗中残留的小剂量获得RNA，这些小剂量疫苗在免疫后仍保留在小瓶中。这些部分将被要求以其他方式丢弃并在FDA授权下进行分析以供研究使用。为了获得表征所需的少量RNA，使用TRIzol试剂（Invitrogen）对苯酚-氯仿提取残留的疫苗，并在提取前后通过Agilent 2100 Bioanalyzer评估完整性。尽管我们的分析主要集中在丢弃后尽快获得的RNA，但我们也分析了在添加和不添加EDTA的情况下经过冷藏（〜4℃）长达42天的样品。有趣的是，在这些制剂中，很大一部分RNA保持完整。我们注意到疫苗的配方包含许多关键化学成分，这些化学成分在这些条件下很可能不稳定-因此这些数据当然并不表明疫苗作为生物制剂是稳定的。但是，令人感兴趣的是，RNA本身的化学稳定性不足以阻止疫苗的最终开发，而疫苗的冷链存储和运输要少得多。为了进一步分析，通过加热至94℃将初始RNA片段化，并用无规六聚体尾衔接子引发，通过模板切换方案（Takara SMARTerer Stranded RNA-seq试剂盒）扩增，并使用MiSeq仪器（Illumina）进行测序配对末端为78-每个末端测序。作为特定测定中的参考材料，我们包括了已知浓度和序列的RNA（来自噬菌体MS2）。从这些数据中，我们获得了有关束紧度的部分信息以及可用于组装的一组线段。这对于Moderna疫苗特别有用，因为在进行研究时尚无原始疫苗RNA序列。从Moderna和Pfizer数据集中汇编了编码全长尖峰的重叠群。辉瑞/ BioNTech数据[图1]验证了该疫苗的报道序列（https://berthub.eu/articles/posts/reverse-engineering-source-code-of-the-biontech-pfizer-vaccine/），而Moderna序列[图2]无法对照已发表的参考文献进行检查。缺乏dsRNA的RNA制剂在制备疫苗制剂中是理想的，因为它们将使脊椎动物不得不对RNA中的双链特征产生戏剧性的生物学（和非特异性）反应进行最小化（https://www.nature.com/articles/nrd.2017.243）。在我们分析的序列数据中，我们发现绝大多数读数来自预期的有义链。此外，少数反义读物与有义读物的区别在于缺少模板转换协议所期望的特征扩展。仅检查具有明显模板转换的读物（作为产地链的指标），我们观察到两种疫苗均绝大多数产生有义读物（> 99.99％）。独立测序测定和其他实验测量正在进行中，将需要确定SmarterSeq协议中此模板转换的有义读码部分是否确实代表了原始材料中的实际dsRNA含量。这项工作提供了对两种RNA的初步评估，这两种RNA现在已成为人类生态系统的一部分，并且可能会出现在许多其他高通量RNA序列研究中，在这些研究中，一部分人以前已经接种过疫苗。 ProtoAcknowledgements：感谢我们的同事的帮助和建议（Nimit Jain，Emily Greenwald，Lamia Wahba，William Wang，Amisha Kumar，Sameer Sundrani，David Lipman，Bijoyita Roy）。图1：由BioNTech / Pfizer BNT-162b2疫苗组装而成的穗编码重叠群。尽管包括完整的编码区，但是用于测序和组装的方法的本质是使得组装的重叠群可能从RNA末端缺少一些序列。在组装后的序列中，此假设序列与从与世界卫生组织的制造商联系中获得的在线可用文档中的相应序列完全匹配[如https://berthub.eu/articles/posts/reverse-engineering-source所报告-biontech-pfizer-疫苗代码/]。装配体的5'末端与这些文档中指出的起始位点匹配，而基于读取的装配体缺少预期在mRNA中存在的打断polyA尾巴（A30（GCATATGACT）A70）。
log4j2-vaccine
翻译 - log4j2-疫苗
#数据仓库#Open Data su consegna e somministrazione dei vaccini anti COVID-19 in Italia - Commissario straordinario per l'emergenza Covid-19
翻译 - 在意大利抗Covid-19疫苗的交付和管理开放日期 - Covid-19紧急情况特别委员会
Bioinformatics pipeline for selecting patient-specific cancer neoantigen vaccines
SuperFolder COVID mRNA vaccines, stabilized for in vitro storage and shipping
A small badge showing a schematic of an mRNA vaccine nanoparticle and blinking the RNA sequence of the Moderna or Pfizer vaccines.
翻译 - 一个小徽章，显示了 mRNA 疫苗纳米颗粒的示意图，并闪烁着 Moderna 或 Pfizer 疫苗的 RNA 序列。
In this competition,we tried to predict degradation rates at each base of an RNA molecule, trained on a subset of an Eterna dataset comprising over 3000 RNA molecules (which span a panoply of sequence...